# Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

- edu.claflin.finder,
- edu.claflin.finder.algo,
- edu.claflin.finder.io,
- edu.claflin.finder.io.graph,
- edu.claflin.finder.io.graph.sub,
- edu.claflin.finder.log,
- edu.claflin.finder.logic,
- edu.claflin.finder.logic.comp,
- edu.claflin.finder.logic.cond,
- edu.claflin.finder.logic.cygrouper,
- edu.claflin.finder.logic.processor

## Class Hierarchy

- java.lang.Object
  - java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    - java.util.AbstractQueue<E> (implements java.util.Queue<E>)
      - java.util.PriorityQueue<E> (implements java.io.Serializable)
        - edu.claflin.finder.logic.PrioritySet<T>
  - edu.claflin.finder.algo.Algorithm (implements edu.claflin.finder.logic.processor.Processable<T,S>)
    - edu.claflin.finder.algo.BreadthFirstTraversalSearch
    - edu.claflin.finder.algo.Bundle (implements java.beans.PropertyChangeListener)
    - edu.claflin.finder.algo.DepthFirstTraversalSearch
    - edu.claflin.finder.algo.MatrixPatternAnalyzer
  - edu.claflin.finder.algo.ArgumentsBundle
  - edu.claflin.finder.logic.processor.BatchProcessor<T,S>
  - edu.claflin.finder.logic.cygrouper.Communicator (implements edu.claflin.finder.logic.cygrouper.CommunicationListener)
  - edu.claflin.finder.logic.Condition
    - edu.claflin.finder.logic.cond.BipartiteCondition
    - edu.claflin.finder.logic.cond.CliqueCondition
    - edu.claflin.finder.logic.cond.DirectedCliqueCondition
  - edu.claflin.finder.logic.cygrouper.CygrouperAssembler
  - edu.claflin.finder.logic.cygrouper.CygrouperEdge
  - edu.claflin.finder.logic.cygrouper.CygrouperNode
  - edu.claflin.finder.logic.cygrouper.CytogrouperMain
  - edu.claflin.finder.logic.Edge<D>
  - edu.claflin.finder.logic.comp.EdgeWeightComparator (implements java.util.Comparator<T>)
  - edu.claflin.finder.Global
  - edu.claflin.finder.logic.Graph
    - edu.claflin.finder.logic.ConditionedGraph
  - edu.claflin.finder.log.LogUtil
  - edu.claflin.finder.Main
  - edu.claflin.finder.io.ManifestParser
  - edu.claflin.finder.io.graph.NOABatchIO (implements edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphWriter)
  - edu.claflin.finder.logic.Node
  - edu.claflin.finder.io.graph.SIFGraphIO (implements edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphReader, edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphWriter)
  - edu.claflin.finder.io.graph.SimpleGraphIO (implements edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphReader, edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphWriter)

## Interface Hierarchy

- edu.claflin.finder.logic.cygrouper.CommunicationListener
- edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphReader
- edu.claflin.finder.io.graph.sub.GraphWriter
- edu.claflin.finder.logic.processor.Processable<T,S>

## Enum Hierarchy

- java.lang.Object
  - java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    - edu.claflin.finder.algo.ArgumentsBundle.COMMON_ARGS
    - edu.claflin.finder.log.LogLevel
    - edu.claflin.finder.log.LogType